Skaitļotiski paredzēto T šūnu epitopu daudzveidība un evolūcija pret cilvēka elpceļu sincitiālo vīrusu

Abstrakts

Cilvēka elpceļu sincitiālais vīruss (RSV) ir galvenais apakšējo elpceļu infekciju cēlonis. Neskatoties uz vairāk nekā 60 gadu pētījumiem, nav nevienas licencētas vakcīnas. Lai gan B šūnu reakcija ir galvenā uzmanība vakcīnas izstrādē, RSV T šūnu epitopa profils ir svarīgs arī vakcīnas izstrādē. Šeit mēs skaitļošanas veidā prognozējām iespējamos T šūnu epitopus RSV savvaļas cirkulējošo celmu saplūšanas proteīnā (F) un glikoproteīnā (G), prognozējot galvenā histokompatibilitātes kompleksa (MHC) I un II klases saistīšanās afinitāti. Mēs ierobežojām savus secinājumus ar konservētiem epitopiem gan F, gan G proteīnos, kas ir eksperimentāli apstiprināti. Mēs izmantojām daudzdimensiju mērogošanu (MDS), lai izveidotu T šūnu epitopu ainavas, lai izpētītu T šūnu profilu daudzveidību un attīstību dažādos RSV celmos. Mēs atklājam, ka šajā T epitopa ainavā RSV celmi ir sagrupēti trīs RSV-A grupās un divās RSV-B grupās. Šīs kopas pārstāv atšķirīgus RSV celmus ar potenciāli atšķirīgiem imunogēniem profiliem. Turklāt mūsu rezultāti liecina par lielāku F proteīna T šūnu epitopu satura saglabāšanas daļu starp nesenajiem epidēmijas celmiem, savukārt G proteīna T šūnu epitopu saturs tika samazināts. Svarīgi, ka mūsu rezultāti liecina, ka RSV-A un RSV-B ir atšķirīgi epitopu novirzes un aizstāšanas modeļi un ka RSV-B vakcīnām var būt nepieciešams biežāk atjaunināt. Mūsu pētījums nodrošina jaunu sistēmu RSV T šūnu epitopu evolūcijas izpētei. Izpratne par T šūnu epitopu saglabāšanas un izmaiņu modeļiem var būt vērtīga vakcīnas izstrādei un novērtēšanai.

Citanche tubulosa priekšrocības- stiprināt imūnsistēmu

Autora kopsavilkums

Apakšējo elpceļu infekcijas, ko izraisa cilvēka elpceļu sincitiālais vīruss (RSV), ir globāls veselības izaicinājums. B šūnu epitopa imūnreakcija ir bijusi galvenā RSV vakcīnas un terapeitiskās izstrādes uzmanības centrā. Tomēr T šūnu epitopu izraisītajai imunitātei ir svarīga loma RSV infekcijas atrisināšanā. Lai gan ir plaši ziņots par RSV ģenētisko daudzveidību, daži pētījumi ir vērsti uz RSV T šūnu epitopu daudzveidību, kas var ietekmēt vakcīnas efektivitāti. Šeit mēs izmantojam skaitļošanas veidā paredzētos cirkulējošo celmu T šūnu epitopu profilus, lai raksturotu RSV A un B T šūnu epitopu daudzveidību un attīstību. Mēs sistemātiski novērtējam RSV F un G proteīnu T šūnu epitopu profilu. Mēs piedāvājam T šūnu epitopa ainavas vizualizāciju, kas parāda trīs RSV-A grupu un divu RSV-B grupu līdzcirkulāciju, kas liecina par potenciāli atšķirīgu T šūnu imunitāti. Turklāt mūsu pētījums parāda dažādus F un G proteīna T šūnu epitopu satura saglabāšanas līmeņus, kas var būt svarīgi, lai korelētu ar vakcīnas aizsardzības ilgumu. Šis pētījums nodrošina jaunu sistēmu, lai pētītu RSV T šūnu epitopu evolūciju, secinātu RSV T šūnu imunitāti populācijas līmenī un uzraudzītu RSV vakcīnas efektivitāti.

Ievads

Cilvēka elpceļu sincitiālais vīruss (RSV) ir negatīvas virknes RNS vīruss, kas ir klasificētsOrtopneimovīrussģimenes ģintsPneumovīrusi. Tas ir galvenais apakšējo elpceļu slimību cēlonis jauniem zīdaiņiem, cilvēkiem ar novājinātu imūnsistēmu un gados vecākiem cilvēkiem, izraisot ikgadējas epidēmijas visā pasaulē [1]. RSV vienpavedienu RNS genoms ir aptuveni 15,2 kb un kodē 11 vīrusu proteīnus [2]. Fusion (F) un glikoproteīna (G) proteīni ir divi galvenie virsmas proteīni [3]. Parasti tiek uzskatīts, ka F proteīns ir konservēts, un tāpēc tas ir lielākā daļa pašreizējo RSV vakcīnu dizainu. Lai gan G proteīns ir ļoti mainīgs, tā ieguldījums slimības patoģenēzē un loma infekcijas bioloģijā liecina, ka tas var būt arī efektīvs RSV vakcīnas antigēns [4]. Neskatoties uz ievērojamo RSV infekcijas slogu visā pasaulē, nav nevienas licencētas vakcīnas. Vienīgā apstiprinātā iejaukšanās ir pasīvā imūnprofilakse ar palivizumabu, ko panāk, ievadot monoklonālo antivielu (mAb) ļoti ierobežotai zīdaiņu grupai, kas jaunāki par 24 mēnešiem, un ārstēšana ir jāatkārto katru mēnesi RSV sezonas laikā salīdzinoši īss antivielas pussabrukšanas periods [5,6]. Monoklonālo antivielu ārstēšanas augsto izmaksu dēļ šī iejaukšanās attiecas tikai uz augsta riska zīdaiņiem un parasti nav pieejama jaunattīstības valstīs. RSV vakcīna ir neatliekama globāla veselības aprūpes prioritāte, un, visticamāk, dažādām augsta riska grupām ir nepieciešamas dažādas stratēģijas.

cistanche ieguvumi - stiprina imūnsistēmu

Vairākas pētnieku grupas ir strādājušas pie RSV vakcīnas izstrādes kopš tās izolēšanas un raksturošanas 1956. gadā [7,8]. Tomēr vakcinācija ar formalīnu inaktivētu, ar alanu izgulsnētu RSV (FI-RSV) vakcīnu zīdaiņiem un maziem bērniem, kas iepriekš nebija inficēti ar RSV, izraisīja ar vakcīnu pastiprinātas slimības (VED) attīstību, kas kavēja vakcīnas attīstību turpmākajās desmitgadēs [9 ]. Ir veikti daudzi pētījumi, lai izskaidrotu šo nevēlamo iznākumu. Visticamāk, formalīna fiksācijas rezultātā tika izveidota vakcīna, kas lielākoties parādīja RSV F proteīna pēcfūzijas konformāciju, izraisot neitralizējošu antivielu pārpalikumu un imūnkompleksu veidošanos [10–12]. Citi pētījumi norādīja, ka traucēta T šūnu reakcija ar Th2 novirzi [13, 14], kā arī komplementa nogulsnēšanās plaušās veicināja pastiprinātu neitrofilo leikocītu skaitu [12]. Jaunākie notikumi, tostarp F proteīna izšķirtspēja [15] un RSV grauzēju modeļu izstrāde [16], ir veicinājuši vairākus vakcīnas kandidātus ar jauniem dizainparaugiem un formulām, kas pašlaik tiek klīniskos pētījumos [3, 17, 18]. Lai gan lielākā daļa pašreizējo RSV vakcinācijas stratēģiju koncentrējas uz B-šūnu izraisītu neitralizācijas imūnreakciju, T-šūnu imunitātei ir arī liela nozīme vīrusu infekcijas atrisināšanā, un tā ir būtiska RSV vakcīnas izstrādei [17, 18]. Kad tiek konstatēta apakšējo elpceļu RSV infekcija, CD8 T šūnām ir svarīga loma vīrusu klīrensā, un CD4 palīgšūnas var organizēt šūnu imūnās atbildes un stimulēt B šūnas ražot antivielas. Tomēr Th{29}}neobjektīvās atbildes ir saistītas ar RSV VED dzīvnieku modeļiem, un Th1 un Th2 atbildes reakcijas mērīšana tiek uzskatīta par svarīgu, lai prognozētu vakcīnas kandidātu drošību [12]. Tāpēc līdzsvarotas šūnu mediētas imūnās atbildes indukcija ar vakcinācijas palīdzību veicinātu RSV klīrensu, taču jāievēro piesardzība, lai izvairītos no iespējamās imūnpatoloģijas. Kopumā RSV vakcīnas izstrādei ir nepieciešama rūpīgāka T šūnu imunitātes un vīrusu sekvenču pārbaude, kas izraisa T šūnu atbildes reakciju.

Cilvēka elpceļu sincitiālajam vīrusam ir sarežģīts cirkulācijas modelis cilvēku populācijā. Divās antigēnu grupās, RSV-A un RSV-B, vienā kopienā var cirkulēt dažādi genotipi, savukārt var rasties jauni RSV genotipi ar augstu genoma daudzveidību un potenciāli aizstāt iepriekš dominējošos genotipus [19]. Pēdējos gados ir identificētas vairākas unikālas ģenētiskās modifikācijas RSV, tostarp 72-nukleotīdu (nt) dublēšanās (ON genotips) RSV-A G gēnā un cita ar 60-nt dublēšanos (BA genotips) ) RSV-B līdzīgā reģionā [20]. Novērotā RSV ģenētiskā daudzveidība ir radījusi jautājumu par to, vai RSV vakcīnai ir jāiekļauj vairāki dažādi celmi, lai tā būtu efektīva. Lielākā daļa pašreizējo RSV vakcīnu izstrādes ir balstītas uz RSV A2 laboratorijas celmu, kas ir himērisks celms, kas pieder A apakštipam [21]. Lai gan šīs ārstēšanas metodes ir daudzsološas, pastāv iespēja, ka vīrusu celmiem attīstīsies bēgšanas mutācijas. Piemēram, pret palivizumabu rezistenti celmi ir izolēti gan no RSV grauzēju modeļiem, gan no cilvēkiem [17,22]. Vairāki pierādījumi arī liecina, ka antigēnu variācijām var būt nozīme RSV spējā izvairīties no imūnās atbildes un konstatētām infekcijām [23]. Lai gan ļoti konservēti T šūnu epitopi RSV vakcīnā var nenodrošināt pilnīgu aizsardzību pret infekciju, ja trūkst savstarpējas aizsargājošas antivielu atbildes, ļoti konservēti T šūnu epitopi vakcīnā joprojām var samazināt slimības smagumu un ierobežot vīrusa izplatību. Tomēr ir ziņots par aminoskābju variācijām T šūnu epitopu līmenī un iespējamu jaunu T šūnu epitopu rašanos nesenos RSV cirkulējošos celmos [24], un ir nepieciešami turpmāki pētījumi, lai ilustrētu aminoskābju variāciju ietekmi uz T šūnu atpazīšanu. . Tādējādi T šūnu epitopu profilu raksturošana dažādos celmos ir ļoti svarīga, lai izprastu RSV evolūciju, un tā var būt svarīga RSV vakcīnas izstrādei.

cistanche augu paaugstinošā imūnsistēma

Noklikšķiniet šeit, lai skatītu Cistanche Enhance Immunity produktus

【Jautājiet vairāk】 E-pasts:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Šajā pētījumā mēs izmantojam imūninformātiskās pieejas, kas ir ieviestas iVAX rīku komplektā [25], lai prognozētu T šūnu epitopus RSV dažādos celmos, koncentrējoties uz diviem galvenajiem virsmas proteīniem F un G. Analizējot visaptverošu datu kopu, mēs novērtējiet RSV cilmes specifisko T šūnu epitopa profilu. Mēs arī veidojam uz secību balstītas T šūnu epitopu ainavas, pamatojoties uz epitopu satura salīdzinājumu starp dažādiem celmiem, un tālāk korelē RSV T šūnu imunitātes izmaiņas ar vīrusa attīstību. Tika aprēķināta arī krusteniski konservēto T šūnu epitopu satura proporcija starp vakcīnas kandidātu celmiem, kas attīstījās agrāk, un RSV cirkulējošiem celmiem ar dažādiem izolācijas gadiem un atrašanās vietām. Šīs analīzes var palīdzēt izprast RSV T šūnu imunitāti dažādos celmos un veicināt pašreizējos vakcīnas izstrādes centienus.

Rezultāti

T šūnu epitopu izplatība RSV virsmas proteīnos

Mēs novērtējām T šūnu imunogēno potenciālu starp RSV virsmas proteīniem, skenējot 9 atlieku reģionus, lai prognozētu saistīšanās varbūtību ar MHC I un II klases molekulām (1. attēls). RSV virsmas proteīnu epitopu blīvums tika novērtēts, izmantojot normalizētu epitopu blīvuma rādītāju, ko aprēķina, summējot prognozēto peptīda-MHC saistīšanās punktu visā proteīnā un normalizējot to ar proteīna garumu. Rezultāts nejauši ģenerētiem proteīniem ir iestatīts uz nulli, un vakcīnas antigēni šajā skalā parasti pārsniedz +20 [25]. F proteīna epitopa blīvuma rādītājs ir lielāks par +20 gan I, gan II klases imunogenitātes skalas analīzē, kas norāda uz nozīmīgu imunogenitātes potenciālu [25]. Tas kontrastē ar zemākiem G proteīna I klases un II klases epitopu blīvuma proteīnu rādītājiem abiem RSV apakštipiem. G proteīna I klases epitopa blīvuma rādītājs bija lielāks par +10 abos apakštipos, bet II klases blīvums bija zemāks par nejauši prognozēto RSV-B analīzē (1.A attēls). Šis rezultāts liecina, ka RSV virsmas proteīniem, visticamāk, ir potenciāls stimulēt T šūnas, kas nepieciešamas aizsargājošai imunitātei. Pēc tam mēs pētījām T šūnu imunogenitātes sadalījumu pa proteīniem un atklājām, ka ir reģioni ar salīdzinoši augstu T šūnu imunogenitātes potenciālu (1B attēls). F proteīna T šūnu imunogenitātes sadalījums tika kartēts uz tā proteīna struktūru, un pārklāšanās starp proteīna sekvences reģioniem ar augstu T šūnu imunitātes potenciālu un antivielu neitralizējošiem mērķiem tika novērota antigēna vietā F un vietā II.

1. attēls. T šūnu imunogēnais potenciāls RSV virsmas proteīniem, pamatojoties uz MHC saistīšanās prognozi

Izcelsmei raksturīgi T šūnu epitopu profili

Pēc tam mēs paplašinājām T šūnu epitopu prognozes no RSV reprezentatīvajiem celmiem uz vairākiem savvaļas cirkulējošiem celmiem. T šūnu epitopu izplatība un daudzveidība dažādos celmos ir parādīta siltuma kartēs ar atbilstošām filogēnām laika mērogā (S1 un S2 att.). Gan F, gan G proteīni satur epitopus, kas tika saglabāti visos RSV celmos gandrīz 100% no paraugā ņemtajiem izolātiem, kas liecina, ka tie varētu kalpot kā augstas kvalitātes T šūnu epitopu kandidāti vakcīnas izstrādei. Turpretim daži epitopi tika mutēti atsevišķos celmos, un tos epitopus, kas radās tikai noteiktos filoģenēzes klados, varēja interpretēt kā kladei raksturīgus "pirkstu nospiedumus".

G gēna dublēšanās notikumi RSV, kas ir unikāli gēnu paraksti, var vai nu mainīt epitopu stāvokli (atrašanās vietas ir atšķirīgas, bet epitopu aminoskābes ir identiskas G proteīna izolātiem bez dublēšanās), vai arī izraisīt jaunu epitopu rašanos. Divi jauni I klases epitopi (Nr. 31 un Nr. 40 S2A attēlā) tika atrasti RSV-A celmos, kas satur G gēna dublēšanos. Turklāt RSV-A sekvencēs, kas satur G gēna dublēšanos, tika identificēts jauns II klases epitops (Nr. 25 S2A attēlā), kas bija nobīde no epitopa (nr. 24), kas novērota citos celmos. No RSV-B celmiem, kas satur G gēna dublēšanās notikumu, mēs novērojām arī vairākus ciltsrakstiem specifiskas klases IT šūnu epitopus, ko izraisa 2-aminoskābes (aa) dzēšana (aa157 un aa158) šajos celmos. no tieši 60-nt dublēšanas notikuma dēļ. RSV-B G proteīni, kuriem ir dublēšanās notikums, satur vairākus jaunus epitopus (nr. 22, 23, 26, 28, 30, 37), bet nesatur vairākus epitopus (nr. 24, 25, 27, 29, 31, 38) kas ir identificēti citos celmos (S2B att.). Lai vēl vairāk noteiktu, vai skaitļošanas veidā prognozētie T šūnu epitopi ar augstu MHC saistīšanās potenciālu ir imunogēni, mēs izmantojām JanusMatrix [27] algoritmu, lai identificētu T šūnu epitopus, kas, iespējams, ir savstarpēji konservēti ar cilvēka peptīdiem un tādējādi imūnsistēma tos panes. . Pamatojoties uz šo analīzi, 6,45% iespējamo RSV galveno virsmas proteīnu I klases epitopu un 1,12% iespējamo II klases epitopu ir krusteniski konservēti ar cilvēka proteomu atvasinātajiem epitopiem T šūnu receptoru (TCR) atliekās. Tā kā šiem peptīdiem ir līdzīgas HLA saistīšanās preferences, kas ir ietvertas cilvēka proteīnos (S3 attēls), tāpēc tika pieņemts, ka tie nav imunogēni. Izslēdzot iepriekš identificētos epitopus ar augstu JanusMatrix punktu skaitu, mēs varējām identificēt T šūnu epitopus, kas bija konservēti vairāk nekā 60% pašlaik cirkulējošo RSV celmu. Mēs meklējām IEDB epitopu datu bāzi, lai noteiktu, vai šie epitopi ir saistīti ar eksperimentāli apstiprinātiem RSV T šūnu epitopiem vai HLA ligandiem (S1 teksta A tabula). Konservētās RSV T šūnu epitopu sekvences, kas var būt svarīgas turpmākai vakcīnas izstrādei, ir parādītas 1. un 2. tabulā (B un C tabulas S1 tekstā).

1. tabula. Eksperimentāli apstiprināti konservēti MHC I klases epitopu peptīdi RSV galvenajos virsmas proteīnos

Paredzamās RSV T šūnu epitopu ainavas 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 gadu desmiti). RSV-B analīze parāda paredzamo imūnfenotipu apgrozījumu ar īsiem kocirkulācijas periodiem (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

2. tabula. Eksperimentāli apstiprināti konservēti MHC II klases epitopu peptīdi RSV galvenajos virsmas proteīnos

2. attēls. Paredzamās T šūnu epitopu ainavas un RSV virsmas proteīnu ģenētiskā evolūcija

Ir pieejamas vairākas metodes, lai prognozētu T šūnu epitopus [31], kas var radīt dažādas rekonstruētas ainavas, ja prognozēšanas metodē ir sistemātiska novirze. Mēs izmantojām NetMHCpan metodi [32], lai prognozētu T šūnu epitopus un veiktu to pašu ainavas rekonstrukciju, izmantojot MHC I klases saistošās prognozes RSV-A F proteīnam. Mūsu analīze parādīja konsekventu RSV T epitopa profila kopu modeli ainavā neatkarīgi no T šūnu epitopa prognozēšanas metodes (S7 attēls).

3. attēls. Iepriekš izmantoto RSV vakcīnas kandidātcelmu novērtējums ar T šūnu epitopu saturu cirkulējošajos celmos

Vakcīnas kandidātu celmu ar T šūnu epitopu saturu novērtējums

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) un salīdzinoši zemāka aizsardzības pakāpe pret nesen izolētiem celmiem. Līdzīga T šūnu epitopa saglabāšanās samazināšanās laika gaitā tika konstatēta vakcīnas celmam CP52 starp cirkulējošiem RSV-B celmiem.

Diskusija

Lai gan gan CD4, gan CD8 T šūnas veicina aizsardzību pret RSV izraisītu slimību pēc primārās infekcijas [16,34], T šūnu epitopiem RSV pētījumos ir pievērsta ierobežota uzmanība. Mēs parādām, ka RSV virsmas proteīniem, šķiet, ir ievērojams potenciāls veicināt T šūnu imunitāti, izmantojot skaitļošanas pieeju, pamatojoties uz to T šūnu epitopu blīvuma rādītājiem, ko nosaka MHC molekulārās saistīšanās prognoze. Salīdzinoši augstais iespējamais T šūnu epitopu blīvums var padarīt F proteīnu par labu mērķi RSV vakcīnai. Papildus T šūnu epitopu blīvuma un sadalījuma analīzei galvenajos RSV virsmas proteīnos mēs arī parādījām T šūnu epitopu satura atšķirības ciltsrakstam. Lai gan tiek uzskatīts, ka RSV F proteīns ir labi konservēts, epitopu mutācijas tiek novērotas dažādās F proteīna līnijās, kas liecina, ka ciltsspecifisko T šūnu epitopu izpēte RSV var sniegt ieskatu imūnās selekcijas ietekmē uz vīrusu daudzveidību un noturību. . Pretstatā konservētajam F proteīnam, tiek ziņots, ka RSV G proteīns ir ļoti mainīgs, mēs joprojām novērojām potenciālos konservētos T šūnu epitopus dažādos celmos, kas liecina par lielu interesi par G proteīna konservēto domēnu kā potenciāliem vakcīnas mērķiem T šūnu imūnās aizsardzības jomā. . Lai gan ir nepieciešama eksperimentāla validācija, šī analīze uzsver, cik svarīgi ir izprast populācijas līmeņa epitopu saglabāšanu, jo tā var sniegt svarīgu ieskatu T šūnu epitopu vadītu vakcīnu izstrādē pret RSV infekciju.

Mūsu darba galvenais uzsvars ir uz secību balstītas metodes izstrāde, lai kartētu T šūnu imunitātes attīstību dažādos traipos. Pēc iepriekš galvenā darba, kurā tika izmantota MDS metode, lai kartētu A gripas vīrusa evolucionāro adaptāciju, ko izraisa CD8 T šūnas, izmantojot MHC I klases epitopu klātbūtni un neesamību [35], mēs izveidojām RSV T šūnu imunitātes ainavas, izmantojot imūno attālumus, kas tika radīti ar T šūnu epitopu savstarpējās saglabāšanas analīzēm, kas ļauj viegli vizualizēt un intuitīvi izprast T šūnu imunitātes attiecību potenciālu starp dažādiem celmiem. Salīdzinot dažādus celmus, mēs atklājām, ka dažādu celmu RSV virsmas proteīnu T šūnu epitopu saturs var tikt sagrupēts, kā tas ir novērots attiecībā uz antigēnu attiecībām, par kurām ziņots citos patogēnos [36, 37]. Mūsu rezultāti parāda arī atbilstību starp RSV T šūnu imunitātes klasteriem un to atbilstošo filoģenēzi, ar sekvencēm vienā un tajā pašā kladē, kas parasti pieder vienam un tam pašam T šūnu imūno klasterim. Svarīgi, ka mēs novērojam arī dažādus RSV savvaļas celmu T-šūnu epitopu evolūcijas modeļus, salīdzinot ar to ģenētisko evolūciju. Mēs atklājam, ka RSV celmi ar G gēna dublēšanos joprojām var apvienoties ar iepriekšējiem RSV izolātiem T šūnu epitopa MDS telpā. Mūsu rezultāti uzsver, cik svarīgi ir raksturot T šūnu epitopu izmaiņas RSV.

cistanche tubulosa-uzlabo imūnsistēmu

Šajā pētījumā mēs identificējām ļoti konservētus RSV T šūnu epitopus, no kuriem daži jau ir eksperimentāli apstiprināti un publicēti IEDB datu bāzē. Tomēr mēs identificējām arī vairākus citus konservētus T-šūnu epitopus, kas iepriekš nav aprakstīti. Tie var būt noderīgi vakcīnas izstrādei, lai gan būs nepieciešama eksperimentāla validācija. Turklāt atlasīto RSV epitopu homoloģija ar cilvēka peptīdiem liecina, ka cilvēka imūnsistēma varētu panest dažus paredzamos RSV T šūnu epitopus vai arī tie var izraisīt kaitīgu krusteniski reaģējošu imūnreakciju pret cilvēka proteīniem, ja tos ievada kopā ar adjuvantu [27]. Šajā pētījumā netika apskatīti daži imunitātes pret RSV aspekti. Piemēram, neitralizējošās antivielu atbildes pašlaik tiek uzskatītas par vissvarīgāko imunitātes korelāciju. Lai gan T šūnu epitopu vadīta vakcīna tieši neizraisītu neitralizējošas antivielas, ir nepieciešami palīgu (CD4) T šūnu epitopi, lai radītu augstas afinitātes un augstas specifiskuma antivielas. Mēs arī atzīmējam, ka mūsu pašreizējā analīzē esam ierobežojuši savu uzmanību uz diviem galvenajiem RSV virsmas proteīniem, taču citi RSV proteīni, piemēram, N, M vai M{5}} proteīni, arī varētu veicināt vakcīnas efektivitāti [38].

cistanche tubulosa-uzlabo imūnsistēmu

Efektīvai vakcīnai pret mainīgiem vīrusiem vajadzētu saturēt T-šūnu epitopus, kas ir ļoti konservēti cirkulējošo celmu vidū [39]. Vakcīnas efektivitāti var samazināt, ja T šūnu epitopi vakcīnas celmā nesakrīt, kad parādās jauni patogēnu celmi. Šajā pētījumā mēs izmantojām uz imūninformātiku balstītu pieeju, lai novērtētu krusteniski konservētu T šūnu epitopu saturu starp diviem dzīviem novājinātiem vakcīnas kandidātu celmiem un RSV cirkulējošiem savvaļas celmiem. Mēs atklājām, ka bija zems krusteniski konservētu T šūnu epitopu saturs ar vakcīnu celmiem, kas piederēja dažādām antigēnu grupām, kas norāda uz risku izmantot vienu apakštipa celmu RSV vakcīnās. Turklāt mēs novērojām mazāku krusteniski konservētu G-proteīna T šūnu epitopu satura īpatsvaru starp vakcīnas celmiem un nesen cirkulējošiem celmiem tajā pašā antigēnu grupā, kas liecina, ka varētu būt arī dažādu celmu T šūnu epitopu iekļaušana tajā pašā antigēnu grupā. svarīgi RSV vakcīnas izstrādei. Lai gan mēs nenovērojām būtiskas izmaiņas krusteniski konservēto T šūnu epitopu saturā F proteīnā, mēs nevaram izslēgt iespēju, ka F proteīna variācijas nākotnē varētu padarīt viena celma vakcīnu mazāk efektīvu. Mūsu pašreizējā analīze ir balstīta uz samazinātām datu kopām, jo ​​ir liela skaitļošanas jauda, ​​kas nepieciešama epitopu satura salīdzināšanai. Mēs izveidojām šīs reprezentatīvās datu kopas, nejauši atlasot visas datu kopas atbilstoši ģeogrāfiskajiem reģioniem un atsevišķiem gadiem. Mūsu atklājumi var atspoguļot publiski pieejamo RSV celmu T šūnu epitopu daudzveidību, tomēr var būt nepieciešami papildu RSV uzraudzības pasākumi, lai iegūtu pilnīgu priekšstatu par RSV T šūnu epitopu mainīgumu.

Mūsu pašreizējo pētījumu ierobežo T šūnu epitopa prognozēšanas eksperimentālas apstiprināšanas trūkums. Mēs koncentrējamies uz skaitļošanas prognozēto MHC saistīšanos, lai identificētu T-šūnu epitopus. Lai gan MHC saistīšanās stiprums ir galvenais parametrs, kas nosaka peptīda imunogenitāti, taču tas nav pietiekams, lai modulis būtu imunogēns [40]. Šajā pētījumā nav ņemti vērā citi aspekti, kas saistīti ar patogēnu izraisītu T šūnu imūnreakciju, piemēram, atbilstoša antigēnu apstrāde [41] un T šūnu receptoru atpazīšana [40], kas var izraisīt novirzes uz skaitļošanas balstītām T šūnu epitopu ainavām. Tomēr šajā pētījumā novērotais RSV virsmas proteīnu kopu modelis T šūnu epitopu ainavā atspoguļo T šūnu epitopu daudzveidību dažādos celmos. Šis atklājums sniedz vērtīgu ieskatu vīrusa evolūcijā T-šūnu imunitātes aspektos un var veicināt celmu atlasi vakcīnas izstrādei. Kopumā šis pētījums sniedz mērķtiecīgu T šūnu epitopu analīzi RSV galvenajos virsmas proteīnos, izmantojot skaitļošanas rīkus. Mēs veicām visaptverošu T šūnu epitopu prognozi RSV, parādot T šūnu epitopu imunoloģiskās attiecības RSV virsmas proteīnos. Šis pētījums parāda, ka T šūnu epitopu evolūcija var atšķirties no ģenētiskās variācijas, un nodrošina pamatu integrētas uz epitopu balstītas RSV vakcīnas un novērtēšanas metožu izstrādei, ko varētu izmantot vakcinācijas stratēģiju optimizēšanai.

Atsauces

1. Crowe JE Jr., Williams JV. Paramiksovīrusi: elpceļu sincitiskais vīruss un cilvēka metapneumovīruss: cilvēku vīrusu infekcijas. 2014. gada 27. februāris: 601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K u.c. Cilvēka elpceļu sincitiālā vīrusa genotipa A un B izolātu pilnīgas genoma sekvences no Dienvidkorejas. Genoms Nonounc. 2015. gads; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.{9}} PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Respiratorā sincitiālā vīrusa virsmas glikoproteīnu struktūra un funkcija. Curr Top Microbiol Immunol. 2013. gads; 372:83–104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Aizsardzības antigēnu vietas elpceļu sincitiālā vīrusa G piesaistes proteīnā ārpus centrālās konservētās un cisteīna cilpas domēniem. PLOS patogēni. 2018. gads; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. Atjaunināti norādījumi par palivizumaba profilaksi zīdaiņiem un maziem bērniem, kuriem ir paaugstināts hospitalizācijas risks elpceļu sincitiālā vīrusa infekcijas dēļ. Pediatrija. 2014. gads; 134(2):e620–38. Epub 2014/ 07/30. https://doi.org/10.1542/peds.{11}} PMID: 25070304.

6. Palivizumabs, humanizēta respiratorā sincitiālā vīrusa monoklonālā antiviela, samazina augsta riska zīdaiņu hospitalizāciju respiratorā sincitiālā vīrusa infekcijas dēļ. IMpact-RSV pētījumu grupa. Pediatrija. 1998. gads; 102 (3 Pt 1): 531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N u.c. Trīs devas mātes elpceļu sincitiālā vīrusa vakcīnas kandidātam ir labi panesamas un imunogēnas randomizētā pētījumā sievietēm, kas nav grūtnieces. J Infect Dis. 2022. gads; 225(12):2067–76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G u.c. Pašreizējais stāvoklis un izaicinājumi elpceļu sincitiālo vīrusu vakcīnu izstrādē. Vakcīnas (Bāzele). 2020. gads; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K u.c. Elpceļu sincitiālā vīrusa slimība zīdaiņiem, neskatoties uz iepriekšēju antigēnas inaktivētas vakcīnas ievadīšanu. Esmu J Epidemiol. 1969. gads; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Uzlabota plaušu histopatoloģija tiek novērota kokvilnas žurkām, kas imunizētas ar formalīnu inaktivētu respiratoro sincitiālo vīrusu (RSV) vai attīrītu F glikoproteīnu un inficētas ar RSV 3–6 mēnešus pēc imunizācijas. Vakcīna. 1990. gads; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Formalīna inaktivētā respiratorā sincitiālā vīrusa virsmā nav iepriekšējas saplūšanas F. Zinātniskie ziņojumi. 2016. gads; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H u.c. Imūnkompleksu loma pastiprinātā elpceļu sincitiālā vīrusa slimībā. J Exp Med. 2002. gads; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. Pastiprināta plaušu histopatoloģija, ko izraisa respiratorā sincitiālā vīrusa (RSV) iedarbība ar formalīnu inaktivētām RSV imunizētām BALB/c pelēm, tiek atcelta interleikīna -4 (IL-4) un IL-10 samazināšanās dēļ. Dž Virols. 1994. gads; 68 (8): 5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.{18}}.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Elpceļu sincitiālā vīrusa infekcija BALB/c pelēm, kas iepriekš imunizētas ar formalīnu inaktivētu vīrusu, izraisa pastiprinātu plaušu iekaisuma reakciju ar dominējošu Th2- līdzīgu citokīnu modeli. Dž Virols. 1996. gads; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.{15}}.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.

15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Trimēra prefūzijas RSV F proteīnu īslaicīga atvēršana. Nat Commun. 2019. gads; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, ir saņēmis pētījumu finansējumu no MedImmune un Janssen, ir bijis apmaksāts MedImmune konsultants un ir Calder Biosciences zinātnisko padomdevēju padomē. MSAG ir nosaukts izgudrotājs patenta pieteikumā RSV F virzītām viena domēna antivielām. PF-H., GP, A.vW. un JPML ir Johnson & Johnson farmācijas uzņēmuma Janssen darbinieki.

16. Taylor G. Elpceļu sincitiālā vīrusa infekcijas dzīvnieku modeļi. Vakcīna. 2017. gads; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Elpošanas sincitiālā vīrusa prefuzogēnās saplūsmes proteīna nanodaļiņu vakcīnas profils. Expert Rev Vaccines. 2021. gads; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N u.c. Elpošanas sincitiālā vīrusa vakcīnas ainava: mācības no kapsētas un daudzsološie kandidāti. Lancet Infect Dis. 2018. gads; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS u.c. Pakāpeniska visa iepriekš cirkulējošā elpceļu sincitiālā vīrusa A celma aizstāšana ar jauno ON1 genotipu Lanžou no 2010. līdz 2017. gadam. Medicīna (Baltimore). 2019. gads; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO u.c. 2014. gadā Rijādā, Saūda Arābijā, 72 bp dublēšanās A grupas un 60 bp dublēšanās grupas B elpceļu sincitiālā vīrusa (RSV) celmu kopcirkulācija. PLOS ONE. 2016. gads; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A u.c. Respiratorā sincitiālā vīrusa apakštipa atkarīgās neitralizācijas strukturālais pamats ar antivielu, kas vērsta uz saplūsmes glikoproteīnu. Dabas sakari. 2017. gads; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. RSV un palivizumaba rezistences epitopu neitralizēšana Japānā. Fukushima J Med Sci. 2017. gads; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.{11}} PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.

23. Sullender WM. Elpošanas sincitiālā vīrusa ģenētiskā un antigēnā daudzveidība. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, satura rādītājs. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y u.c. Elpošanas sincitiālā vīrusa saplūsmes proteīna ģenētiskās variācijas, kas izolētas no bērniem, kas hospitalizēti ar sabiedrībā iegūto pneimoniju Ķīnā. Zinātniskie ziņojumi. 2018. gads; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G u.c. Labāka epitopu atklāšana, precīza imūnsistēmas inženierija un paātrināta vakcīnu izstrāde, izmantojot imūninformātikas rīkus. Front Immunol. 2020. gads; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM u.c. Ātra RSV antivielu repertuāru profilēšana no dabiski inficētu pieaugušo donoru atmiņas B šūnām. Sci Immunol. 2016. gads; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.

27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Integrēts novērtējums par prognozēto MHC saistīšanos un savstarpēju saglabāšanu ar sevi atklāj vīrusu maskēšanās modeļus. BMC Bioinformātika. 2014. gads; 15 4. pielikums (4. pielikums): S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA u.c. Patogēnu epidemioloģiskās un evolūcijas dinamikas apvienošana. Zinātne. 2004. gads; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https://doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD u.c. Gripas vīrusa antigēnās un ģenētiskās evolūcijas kartēšana. Zinātne. 2004. gads; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ u.c. Gripas antigēnu dinamikas integrēšana ar molekulāro evolūciju. eLife. 2014. gads; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics Comes of Age. PLOS skaitļošanas bioloģija. 2006. gads; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reinisons B, Alvaress B, Pols S, Pīters B, Nīlsens M. NetMHCpan-4.1 un NetMHCIIpan-4.0: uzlabotas MHC antigēna prezentācijas prognozes, izmantojot vienlaicīgu motīvu dekonvolūciju un MS MHC eluēto ligandu datu integrācija. Nukleīnskābju izpēte. 2020. gads; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD u.c. Cūku H1 gripas A vīrusa hemaglutinīna T-šūnu epitopu satura salīdzinājums (EpiCC). Gripas citi respiratori vīrusi. 2017. gads; 11(6):531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.

34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. The Human Immune Response to Respiratory Syncyal Virus Infection. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.{11}} PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. A gripas vīrusa ilgtermiņa adaptācija, izvairoties no citotoksisko T-šūnu atpazīšanas. Zinātniskie ziņojumi. 2016. gads; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL u.c. Denges drudža vīrusi grupējas antigēniski, bet ne kā atsevišķi serotipi. Zinātne. 2015. gads; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM u.c. Plasmodium falciparum eritrocītu membrānas proteīna 1 (PfEMP1) imūnreakcijas antigēnu kartogrāfija. PLOS patogēni. 2019. gads; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Respiratoro sincitiālā vīrusa M- un M2-specifisko CD4 T šūnu raksturojums peles modelī. Virusoloģijas žurnāls. 2009. gads; 83(10):4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K u.c. Papildus klīniskajiem pētījumiem: evolūcijas un epidemioloģiskie apsvērumi universālas gripas vakcīnas izstrādei. PLOS patogēni. 2020. gads; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T šūnu epitopu prognozēšana un tās pielietojums imūnterapijā. Front Immunol. 2021. gads; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Čārlzs T, Lendrijs SJ. CD4+ T-šūnu epitopa prognozēšana, izmantojot antigēnu apstrādes ierobežojumus. J Immunol metodes. 2016. gads; 432:72–81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J u.c. Jauna un paplašināma genotipēšanas sistēma cilvēka elpceļu sincitiālajam vīrusam, pamatojoties uz visa genoma sekvences analīzi. Gripas citi respiratori vīrusi. 2022. gads; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. ETIĶETE: Ātra un precīza ciltsraksta noteikšana ar H5N1 un H9N2 gripas A hemaglutinīnu novērtējumu. PLOS ONE. 2014. gads; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. Organizācija UNbtWH. Pasaules veselības statistika 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integrēta olbaltumvielu secība un strukturālā izlīdzināšana. Nukleīnskābju izpēte. 2019. gads; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR u.c. Respiratorā sincitiālā vīrusa (RSV) A apakšgrupas F un G proteīnu aizstāšana ar B apakšgrupas proteīniem rada himēriskas dzīvas novājinātas RSV B apakšgrupas vakcīnas kandidātes. Dž Virols. 1999. gads; 73(12):9773–80. Epub 1999/ 11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.{13}}.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML 8. versija: rīks lielu filogēniju filoģenētiskai analīzei un pēcanalīzei. Bioinformātika. 2014. gads; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: maksimālās varbūtības filodinamiskā analīze. Vīrusu evolūcija. 2018. gads; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. vienoties par r paketi filoģenētisko koku vizualizācijai un anotēšanai ar to kovariātiem un citiem saistītajiem datiem. Metodes ekoloģijā un evolūcijā. 2017. gads; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S u.c. Vairākiem izplatītiem HLADR veidiem ir lielā mērā pārklājoši peptīdu saistošie repertuāri. J Immunol. 1998. gads; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. Deviņi galvenie HLA I klases supertipi veido HLA-A un -B polimorfisma milzīgo pārsvaru. Imunoģenētika. 1999. gads; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: universālā proteīnu zināšanu bāze 2021. gadā. Nucleic Acids Res. 2021. gads; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R u.c. iVAX: integrēts rīku komplekts antigēnu atlasei un optimizēšanai un epitopu vadītu vakcīnu izstrādei. Cilvēku vakcīnas un imūnterapija. 2015. gads; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J u.c. Ļoti spēcīga pagarināta eliminācijas pusperioda antiviela kā potenciāls RSV vakcīnas surogāts visiem zīdaiņiem. Sci Transl Med. 2017. gads; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Elpošanas sincitiālā vīrusa saplūsmes glikoproteīna struktūra pēcfūzijas konformācijā atklāj neitralizējošu epitopu saglabāšanos. Dž Virols. 2011. gads; 85 (15): 7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: a consensus method for the major histocompatibility complex I Class Prognozes. Imunoģenētika. 2012. gads; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319

58. GOWER JC. Dažas latentās saknes un vektoru metožu attāluma īpašības tiek izmantotas daudzfaktoru analīzē. Biometrija. 1966. gads; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sa'nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Daudzfaktoru analīze. Academic Press, LondonNew York-Toronto-Sidneja-Sanfrancisko, 1979. xv, 518 lpp., 61 USD.{7}}. Biometriskais žurnāls. 1982;24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: An R Package for Determining the Relevant Number of Clusters in a Data Set. Statistikas programmatūras žurnāls. 2014. gads; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Daudzdimensiju mērogošana, izmantojot majorizāciju: SMACOF in R. Journal of Statistical Software. 2009. gads; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03