Cistanche Deserticola glikozīdu estrogēniem līdzīgas ietekmes mehānismi: tīkla farmakoloģijas un transkriptikas atziņas

3. Eksperimentālie rezultāti

3.1 Tīkla farmakoloģijas analīzes rezultāti

3.1.1. GCS aktīvo komponentu estrogēnam līdzīgās ietekmes tīkla analīze

Kopumā GCS 40 savienojumi (1. tabula) tika analizēti, izmantojotTcmsp, Simtnieks, Utt, Dūriens, unQsardatu bāzes. Pēc dublikātu noņemšanas tika savākti 183 mērķi. NoGenecardsunOmimKā atslēgvārdi tika izmantotas datu bāzes, "estrogēna deficīts" vai "zems estrogēna līmenis", lai iegūtu ar slimību saistītus mērķus. Apvienojot mērķus gan no avotiem, gan no dublikātu noņemšanas, tika iegūti 1 712 slimības mērķi.

LietošanaCytoscape v3.9.1, tika vizualizēts "savienojuma - mērķa" (CT) tīkls (1. attēls). Tīklā bija 223 mezgli: 40 mezgli, kas attēlo GCS aktīvos komponentus un 183 mezglus, kas attēlo mērķus, savienoti ar 253 malām. Izmantojot Venn diagrammas tiešsaistes platformu, 40 GCS specifisko mērķa gēnu un estrogēniem līdzīgu mērķa gēnu krustojums deva 72 mērķa gēnus, kas pārklājās ar “GCS-estrogēniem” (2. attēls).

 

Cistanche piedevas vīriešu seksuālai disfunkcijai

Whatsapp mums, lai iegūtu sīkāku informāciju

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 pamatmērķu un PPI tīkla analīzes skrīnings

Tika analizēti tīkla topoloģiskie parametri (grāds, starpība un tuvības centrālais centrālais līmenis). Šo parametru vidējās vērtības tika izmantotas kā sliekšņi. Mērķi, kas atbilst visiem trim sliekšņa kritērijiem, tika izvēlēti kā galvenie mērķi GCS estrogēnam līdzīgajai iedarbībai. Kopumā tika identificēti 24 pamatmērķi. LietošanaCytoscape v3.9.1, Tika vizualizēts "salikts - pamatmērķis - estrogēnam līdzīgs" tīkls (3. attēls). Turklāt tika izveidots galveno mērķu PPI tīkls (4. attēls).

 

3.1.3. GO funkcionālā un Kega ceļa bagātināšanas analīze

No GO funkcionālās analīzes tika identificēti 35 nozīmīgi ieraksti. Balstoties uz koriģētām p vērtībām, tika izvēlēti 20 labākie ceļi (6. attēls). Tās galvenokārt bija saistītas ar molekulārajām funkcijām, piemēram, citokīnu receptoru saistīšanos, estrogēna receptoru saistīšanos, augšanas faktora receptoru saistīšanos un kodola receptoru aktivitāti.

KEGG ceļa bagātināšanas analīze identificēja 83 nozīmīgus signalizācijas ceļus. Tika vizualizēti 20 labākie ceļi, kas sarindoti ar koriģētām p vērtībām (7. attēls). Galvenie ar estrogēnu saistītie ceļi bija:

Audzēja nekrozes faktora (TNF) signalizācijas ceļš

Interleikīns -17 (il -17) signalizācijas ceļš

Hipoksijas inducējamais koeficients -1 (hif -1) signalizācijas ceļš

Estrogēna signalizācijas ceļš

Šiem ceļiem ir kritiska loma GCS estrogēnam līdzīgajā iedarbībā.

3.2 Integrācija ar transkriptisko datu datiem

3.2.1. Korelācijas analīze starp paredzamajiem mērķiem un transkriptiskajiem datiem

IzmantojotHGNCDatu bāze, 24 galveno mērķa gēni, ko prognozēja tīkla farmakoloģija, tika pārveidoti par homologiem žurku gēniem, kā rezultātā tika iegūti 31 gēns. Pēc dublikātu noņemšanas 29 gēni palika. Salīdzinot ar transkriptiskajiem datiem, visi 29 galvenie mērķi (izņemotMCL1unGcg) parādīja gēnu ekspresijas izmaiņas. Rezultāti ir parādīti 2. tabulā.

3.2.2. Korelācijas analīze starp tīkla farmakoloģijas un transkriptikas veidiem

Pēc galveno mērķa gēnu pārveidošanas par homologiem žurku gēniem tika veikta KEGG ceļu bagātināšanas analīze. Kopējā mērķa gēniem tika identificēti 1 0 8 ceļi (ar Padjust <0. 05). KEGG bagātināšanas analīze transkriptiskās sekvencēšanas datos identificēja 107 ceļus (ar Padjust <0,05). Tīkla farmakoloģijas un transkriptikas korelācijas analīzes rezultāti parādīti 8. attēlā.

Bija 68 pārklājošie ceļi, ieskaitot:

Estrogēna signalizācijas ceļš

Nometnes signalizācijas ceļš

TNF signalizācijas ceļš

Pārklājošie ceļi veidoja vairāk nekā 60% no kopējiem ceļiem.