Abstract:Ēģiptes mandarīna apelsīna (Citrus reticulata Blanco, F. Rutaceae) sēklu fitoķīmiskā izmeklēšana sniedza trīspadsmit zināmus savienojumus, 1.–13. Izolēto savienojumu struktūras tika piešķirtas, izmantojot 1D un 2D KMR un HRESIMS analīzes. Lai raksturotu šo savienojumu farmakoloģisko aktivitāti, tika izmantoti vairāki integrēti uz virtuālo skrīningu balstīti un uz molekulārās dinamikas simulācijas balstīti eksperimenti. Rezultātā savienojumi 2, 3 un 5, domājams, tika identificēti kā hialuronidāzes, ksantīna oksidāzes un tirozināzes inhibitori. Sekojošā in vitro pārbaude tika veikta, lai apstiprinātu eksperimentus, kuru pamatā ir in silico, lai izceltu šo flavonoīdu potenciālu kā daudzsološus hialuronidāzes, ksantīna oksidāzes un tirozināzes inhibitorus ar IC50 vērtībām no 6,39 ± 0,36 līdz 73,7 ± 2,33. . Šis pētījums atklāj Ēģiptes mandarīna apelsīna atkritumu (ti, tā sēklu) potenciālu kā ādas veselību veicinošu dabisko līdzekli. Turklāt tas atklāja integrētas apgrieztās dokstacijas virtuālās skrīninga un uz MDS balstītu eksperimentu pielietojamību, lai efektīvi prognozētu dabisko produktu bioloģisko potenciālu.

Cistanche glikozīds var arī palielināt SOD aktivitāti sirds un aknu audos un būtiski samazināt lipofuscīna un MDA saturu katrā audā, efektīvi attīrot dažādus reaktīvos skābekļa radikāļus (OH-, H2O₂ utt.) un aizsargājot no izraisītiem DNS bojājumiem. ar OH-radikāļiem. Cistanche feniletanoīda glikozīdiem ir spēcīga brīvo radikāļu attīrīšanas spēja, augstāka reducējošā spēja nekā C vitamīnam, tie uzlabo SOD aktivitāti spermas suspensijā, samazina MDA saturu un zināmā mērā aizsargā spermas membrānas darbību. Cistanche polisaharīdi var uzlabot SOD un GSH-Px aktivitāti eksperimentāli novecojošu D-galaktozes izraisītu peļu eritrocītos un plaušu audos, kā arī samazināt MDA un kolagēna saturu plaušās un plazmā, kā arī palielināt elastīna saturu. laba attīrošā iedarbība uz DPPH, pagarina hipoksijas laiku novecojošām pelēm, uzlabo SOD aktivitāti serumā un aizkavē plaušu fizioloģisko deģenerāciju eksperimentāli novecojošām pelēm Ar šūnu morfoloģisko deģenerāciju eksperimenti ir parādījuši, ka Cistanche ir labas antioksidanta spējas un tas var būt zāles ādas novecošanās slimību profilaksei un ārstēšanai. Tajā pašā laikā ehinakozīdam Cistančā ir ievērojama spēja attīrīt DPPH brīvos radikāļus un novērst reaktīvās skābekļa sugas un novērst brīvo radikāļu izraisītu kolagēna noārdīšanos, kā arī tam ir laba iedarbība uz timīna brīvo radikāļu anjonu bojājumiem.

Noklikšķiniet uz Cistanche tablešu priekšrocības

【Lai iegūtu plašāku informāciju: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】

1. Ievads

Mandarīni, C. reticulata, ir dažas no visievērojamākajām citrusaugļu kultūrām svaigai lietošanai [1]. Tos bieži ievada kā "mandarīnus". tomēr 'mandarīns' ir populārākais nosaukums. Dabā ir izplatīti vairāki mandarīnu sugu hibrīdi un šķirnes [1]. Slavenākās, izsmalcinātākās sugas ir C. unshiu Marcovitch, C. nobilis Loureiro, C. deliciosa Tenore un C. reticulata Blanco [1,2]. Mandarīni ir vieni no galvenajiem citrusaugļiem, ko vāc daudzās valstīs. Lai gan šīs kultūras galvenokārt izmanto desertu pagatavošanai, tām ir būtiska komerciāla nozīme, pateicoties to ēteriskajām eļļām [3]. Citrusaugļu garšas tiek izmantotas dzērienos, konditorejas izstrādājumos, cepumos un desertos [4]. C. reticulata mizu izmanto arī dzērienu aromatizēšanai [4].

Apgrieztā doka ir virtuālās skrīninga metodes veids, ar kuru var manipulēt, lai paredzētu potenciālos molekulāros mērķus konkrētai savienojuma struktūrai. Iepriekš mēs esam izmantojuši šo efektīvo virtuālo skrīninga metodi, lai noteiktu labākos olbaltumvielu mērķus vairākiem izolētiem dabīgiem produktiem [5]. Tomēr dokstacijas punkti, kas iegūti no šī sākotnējā skrīninga posma, sniedz tikai zināmu informāciju par proteīna mērķu un vaicājuma savienojuma struktūras strukturālo komplementaritāti [6]. Attiecīgi molekulārās dinamikas simulācijas (MDS) eksperimenti, tostarp absolūtā saistīšanās brīvā enerģija (∆Gbinding), nodrošina stingrākus un uzticamākus rezultātus, ko var atlasīt in vitro testēšanai. Šeit mēs pakļāvām C. reticulata sēklas pakāpeniskai hromatogrāfiskai izolācijai, lai iegūtu priekšstatu par galveno fitoķīmisko vielu šajā atkritumu produktā. Pēc tam mēs izpētījām, vai šīm fitoķīmiskajām vielām ir noteikta farmakoloģiska iedarbība, pakļaujot tām pakāpenisku analīzi, kas balstīta uz silīcija bāzes, ko uzsāka visaptveroša apgrieztā dokstacija un kas beidzās ar vairākiem MDS eksperimentiem. No C. reticulata sēklām iegūto bioaktīvo fitoķīmisko vielu potenciāls atklāj ēdamo augļu atkritumu produktu lielo ietilpību kā milzīgu veselību veicinošu vielu rezervuāru.

2. Materiāli un metodes

2.1. Augu materiāls

C. reticulata augļi tika savākti 2021. gada janvārī no vietējā Beni-Suef, Ēģiptes reģiona, un to autentiskumu apstiprināja vecākais botāniķis prof. Dr. Abd El-Halim A. Mohammed Floras un fitotaksonomijas pētījumu nodaļa; Dārzkopības pētniecības institūts; Dokki; Kaira; Ēģipte). Augļu paraugs tika glabāts Farmakognozijas departamentā ar kupona numuru 2021-BuPD 80; Farmācijas skola; Beni-Suef Universitāte; Ēģipte).

2.2. Ķīmiskās vielas un reaģenti

Etilacetāts (EtOAc), metanols (MeOH), n-heksāns (n-Hex), etanols (EtOH), dihlormetāns (DCM) un n-butanols (n-BuOH) tika iegūti no El-Nasr Company, Ēģipte. Sigma Aldrich, Sentluisa, MO, ASV, nodrošināja deuterētus šķīdinātājus KMR analīzei, kā arī augstas tīrības šķīdinātājus HPLC, spektroskopiskām un hromatogrāfiskām analīzēm (piemēram, metanols-d4 (CD3OD), dimetilsulfoksīds-d6 (DMSO), hloroforms -d (CDCl3), metanols HPLC, HPLC kvalitātes ūdens un HPLC kvalitātes acetonitrils). Hromatogrāfiskai izolācijai Sephadex LH20 (0,25–0,1 mm, GE Healthcare, Sigma-Aldrich; CA, ASV) un silikagels (E-Merck, Sigma-Aldrich, CA, ASV) tika izmantoti. Vakuuma šķidruma hromatogrāfijai tika izmantots silikagels TLC (Pharmaceuticals and Chemicals; El-Nasr Company; Kaira, Ēģipte) (VLC). TLC pētījumos tika izmantots iepriekš pārklāts silikagels (E-Merck, Darmštate, Vācija). Radušos plankumus identificēja ar paranisaldehīdu pēc karsēšanas 110 ◦C [7]. Visi materiāli bioloģiskajiem pētījumiem tika iegūti no Sigma Chemical Company (SCC; CA, ASV).

2.3. Spektrālās analīzes

KMR signāli tika iegūti pie 400 1H-NMR un 100 MHz 13C-NMR. Kā atsauces signāli tika izmantoti CDCl3-d, CD3OD-d4 un DMSO-d6 šķīdinātāja maksimumi. KMR signāls tika iegūts, izmantojot NMR iekārtu Bruker Advance-III 400 MHz (Bruker AG-Billerica, Kalifornija, MA, ASV).

Augstas izšķirtspējas masas dati tika savākti, izmantojot Acquity-Ultra-Performance-Liquid Chromatography-machine, kas savienota ar Quadrupole-Time-of-Flight-Hybrid-Mass-Spectrometer (Waters, Milford, MA, ASV). Lai iegūtu HPLC hromatogrāfisko atdalīšanu, tika izmantots Agilent/1260-Infinity-preparative-HPLC.

2.4. C. reticulata sēklu ekstrakta sagatavošana

C. reticulata sēklas (1 kilograms) tika iegādātas svaigas un pēc tam žāvētas ēnā. Pēc tam sēklas tika sarīvētas, izmantojot slīpmašīnu (Henan, kontinentālā Ķīna). Pēc tam pulverveida produkts tika rūpīgi ekstrahēts ar 70 procentiem EtOH (1 L × 5). Iegūtais šķidrais ekstrakts tika koncentrēts, izmantojot rotācijas iztvaicētāju (Buchi-Rotavapor-R-300, ColeParmer, Vernon Hills, IL, ASV) vakuumā 45 ◦C, lai nodrošinātu 100 g neapstrādāta sausā ekstrakta, kas pēc tam tika sadalīts, izmantojot virkni pieaugošas polaritātes šķīdinātāju: n-Hex-DCMEtOAc-n-BuOH. Frakcijas I (24.0 g), II (5,0 g), III (3,0 g) un IV (6,0 g) tika iegūtas, iztvaicējot atdalīto organisko fāzi pazeminātā spiedienā. Visi ekstrakti un frakcijas tika uzglabātas 4 ◦ C temperatūrā turpmākai fitoķīmiskai un bioķīmiskai analīzei.

2.5. C. reticulata sēklu galveno dabisko produktu izdalīšana 

TLC-silikagela kolonna tika izmantota, lai I frakciju (20 g) pakļautu normālai VLC iedarbībai. Tika izmantota secīga EtOAc un n-Hex eluēšana (0–100 procenti, pieaugot par 5 procentiem). Trīs apakšfrakcijas (I1–I3) tika iegūtas, savācot identiskas frakcijas un iztvaicējot tās pazeminātā spiedienā. Citā silikagela kolonnā subfrakcija I1 (1,0 g) tika plaši frakcionēta. Hromatogrāfiskā eluēšana tika veikta ar n-Hex līdz EtOAc gradienta maisījumiem (0–10 procenti, 1 procents pieaug, katrs 100 ml), lai iegūtu savienojumu 13. (10 mg).

Apakšfrakcija I2 (50 mg) tika tālāk hromatografēta uz silikagela-60 (100 × 1 cm, 20 g). Hromatogrāfiskā procedūra tika veikta, izmantojot DCM: MeOH, izokrātisku maisījumu (0,5 procenti, 500 ml), lai iegūtu savienojumus 8 (20 mg) un 9 (15 mg). Apakšfrakcija I3 tika nedaudz frakcionēta uz silikagela 60 (100 × 1 cm, 20 g). Elucija tika iegūta, izmantojot DCM: MeOH, izokrātisku maisījumu (0,5 procenti, 500 ml), lai iegūtu 10 (20 mg).

TLC silikagēla kolonna tika izmantota, lai eksponētu II frakciju (2,5 g). DCM: paraugu eluēšanai tika izmantots EtOAc (0–100 procenti, pieaug par 5 procentiem). Saražotie notekūdeņi tika saņemti 250 ml daļās. Tika iegūtas identiskas frakcijas un samazinātā spiedienā tās reducētas līdz divām apakšfrakcijām (II1–II2). Citā silikagela kolonnā subfrakcija I1 (1,0 g) tika plaši frakcionēta. Savienojums 5 tika eluēts, izmantojot DCM: EtOAc (0–10 procenti, 1 procents pieaug, katrs 100 ml) (10 mg).

Apakšfrakcija I2 (50 mg) tika tālāk hromatografēta uz silikagela60 (100 × 1 cm, 20 g). Hromatogrāfiskā eluēšana tika veikta, izmantojot DCM līdz MeOH (izokrātiska eluēšana; 0,5 procenti, 500 ml), lai iegūtu savienojumus 11 (20 mg) un 12 (15 mg).

Parastā VLC IV frakcija (6.{1}} g) tika atdalīta, izmantojot silikagelu. DCM: paraugu eluēšanai tika izmantots EtOAc (0–100 procenti, 5 procenti pieaug, katrs pa 250 ml). Hromatogrāfiskie izplūdumi tika saņemti ar 250 ml soli.

Identiskas frakcijas tika grupētas un samazinātā spiedienā reducētas, lai iegūtu piecas apakšfrakcijas (IV1–V5); apakšfrakcijas IV1, IV2, IV3 un IV4 tika tikai nedaudz hromatografētas Sephadex-LH20 kolonnā, eluējot ar MeOH, lai iegūtu 4 (30 mg), 6 (50 mg), 7 (70 mg) un 1 (15 mg, attiecīgi, bet apakšfrakcija IV5 bija ievērojami tīra (10 mg).

2.6. In Silico pētījums

2.6.1. Apgrieztā dokstacija

Iespējamie atdalīto flavonoīdu molekulārie mērķi tika secināti, pakļaujot to struktūras virtuālai skrīningam atkarībā no apgrieztās dokstacijas pret gandrīz visiem proteīnu datu bankā izsniegtajiem proteīniem; PBP.

Šim solim tika izmantota tiešsaistes platforma IdTarget. Šī virtuālās struktūras niecīgā skrīninga programma izmanto īpašu apgrieztu dokošanas metodi, proti, DivideConquer-Docking, kas konstruē ierobežotus tīklus, kas pārklājas, padarot proteīna izpēti ierobežotāku. Rezultātā tas var veikt lielu skaitu dokstaciju īsā laikā [8]. Iegūtie rādītāji tika aprakstīti kā vērtējumu saraksts, sākot no sliktākajiem līdz labākajiem. Lai noteiktu optimālos proteīna mērķus katrai konkrētajai struktūrai, mēs izmantojām afinitātes rādītāju –10 kcal/mol kā robežvērtību (1. tabula).

Molekulārās dinamikas simulācijas (MDS) eksperimenti tika veikti, kā iepriekš ziņoja Alhadrami et al. 2021 [6]. MDS eksperimentu veikšanai tika izmantota Maestro programmatūras MDS iekārta (ti, Desmond v. 2.2; Hamburga, Vācija) [9–11]. OPLS-Force-Field tika izmantots simulācijas braucieniem.

Olbaltumvielu struktūru sagatavošana tika veikta ar System-Builder algoritmu, kurā tās tika iesaiņotas ortorombiskā ūdens kastē (20 Å3 ), izmantojot TIP3P ūdens modeli kopā ar Na plus un Cl− joniem, {{ 16}},15 M katram no tiem. Pēc tam optimizētās modelētās struktūras tika pakļautas sākotnējam līdzsvaram 10 ns. Ligandu struktūras tika automātiski parametrizētas struktūras sagatavošanas posmā saskaņā ar OPLSForce-Field. Metālu saturošiem proteīniem, piemēram, MMP, kas ietver histidīna-Zn plus 2 kompleksu efektīvajā vietā, ir jānosaka parametri proteīna veidošanās posmā. Turpinot, heteroatomiem, piemēram, Zn (ģenerēt heterostāvokli), ir jāiestata hetero stāvoklis. Šī funkcija ir daļa no maestro proteīna veidošanās vedņa. Šis solis atvieglos pareiza hetero stāvokļa vai koordināta kovalentā stāvokļa attīstību heteroatomam (ti, Zn plus 2) tīklā ar proteīnu, lai tādi spēka lauki kā OPLS varētu ātri novērot cinka atomu. Reprodukcijām, kas veiktas ar Nano-scale Molecular Dynamics programmatūru (NAMD 3.0) [12], modelēto struktūru topoloģijas un parametrus noteica tiešsaistes platforma Ligand Reader and Modeler. Lai noturētu Zn plus 2 vietā, tika izmantoti harmoniskie Tcl spēki.

Saistošās brīvās enerģijas (∆Gbinding) aprēķins tika veikts, kā iepriekš aprakstīja Alhadrami et al. 2021 [6]. ∆Slīpēšana tika veikta, izmantojot brīvās enerģijas perturbācijas (FEP) procedūru [12], kas sīkāk aprakstīta Kima et al publikācijā. Īsumā, šis paņēmiens aprēķina nepieciešamo pieejamo enerģiju ∆Gsaistīšana, izmantojot vienādojumu ∆Gbinding=∆GComplex − ∆GLigand. Katras ∆ slīpēšanas vērtība tiek aprēķināta, izmantojot NAMD programmu atsevišķos eksperimentos.

Visus ievades failus var sagatavot, izmantojot vietni CharmmGUI. Pēc tam faili tika izmantoti, lai izveidotu plānotos ∆G saistīšanas aprēķinus, izmantojot NAMD FEP protokolu. Līdzsvars vēlāk tika noteikts NPT (300 K, 1 atm, Langevin-Piston-Pressure "komplekss" - "Ligand"), pastāvot TIP3P ūdens modelim. Vēlāk katrai struktūrai tika izveidotas 10 ns FEP simulācijas, un pēdējās 5 ns no pieejamajiem enerģijas daudzumiem tika aprēķinātas gatavajiem brīvās enerģijas daudzumiem [12]. Galu galā saistošās pozas tika paredzētas un novērtētas, izmantojot VMD programmu [13].

2.7. Hialuronidāzes aktivitātes in vitro tests

Hialuronidāzes inhibējošā aktivitāte tika izveidota saskaņā ar iepriekš noteikto procedūru, kas piešķirta Chaiyana et al. 2019. gads [14]. Inhibējošā iedarbība uz hialuronidāzes aktivitāti tika aprēķināta pēc šāda vienādojuma: hialuronidāzes inhibīcija (procenti)=(1 − A/B) × 100, kur A un B ir hialuronskābes raksturs pēc apstrādes, ja ir vai nav paraugu atsevišķi. Kā pozitīvā kontrole tika izmantota 6-O-palmitoil-laskorbīnskābe. Eksperiments tika veikts trīs eksemplāros.

2.8. Ksantīna oksidāzes aktivitātes in vitro tests

Ksantīnoksidāzes (XO) inhibīcijas potenciāls tika veikts saskaņā ar iepriekš aprakstīto metodi [15]. Krāsa, kas radusies ūdeņraža peroksīda izdalīšanās dēļ XO oksidācijas procesā, tika mērīta pie 570 nm, izmantojot plākšņu lasītāju EPOCH™ "MICROPLATE READER (BIOTEK)". Četrdesmit četri mikrolitri ksantīna oksidāzes buferšķīduma tika sajaukti ar 2 µL ksantīna substrāta šķīduma un 2 µL XO. L-mimozīns tika izmantots kā pozitīva kontrole. Šis eksperiments tika veikts trīs eksemplāros.

2.9. Tirozināzes aktivitātes in vitro tests

Katra flavonoīda tirozināzes inhibējošā aktivitāte tika novērota, izmantojot DOPAchrome procesu, kas atbilst Momtaz et al. 2008 [16], kas tika pārveidots no Nerya et al. 2003 [17], un Curto et al. 1999 [18]. Tirozināzes inhibējošā aktivitāte tika mērīta, izmantojot šādu vienādojumu: inhibējošā aktivitāte (procentos)=(1 − A/B) × 100, (9) kur A un B ir maisījuma absorbcijas lielums klātbūtnē vai bez attiecīgi pārbaudiet flavonoīdus. Katrs eksperiments tika veikts trīs eksemplāros.

3. Rezultāti un diskusijas

3.1. C. reticulata sēklu fitoķīmiskā izpēte

Izmantojot UV, 1H un DEPT-Q KMR, papildus salīdzināšanai ar literatūru un izmantojot dažus autentiskus paraugus, zināmie savienojumi kaempferols 1 [19], kaempferol-40 -O- -Dglucopyranside 2 [19], kaempferol -7-O- -D-glikopiranozīds 3 [19], 2-hidroksigenisteīns 4 [19], hesperetīns 5 [19], 3000 (1000-O- - D-glikopiranozil)-saharoze 6 [20], 6(1000 -O- -Dfruktofuranoze)-30 (1"-O- -D-glikopiranozil)-saharoze 7 [20 ], 1-O-elaidoilglicerīns 8 [21], 1- O-oleoil-2-palmitoilglicerīns 9 [22], 1-O-oleoilglicerīns 10 [ 21], (E)-3-((4-metilheptiloksi)karbonil)akrilskābe 11 [23], (E)-3-((6-metilnoniloksi) karbonil)akrilskābe 12 [23] un -sitosterīns 13 [24] (1. attēls) tika identificētas no neapstrādāta C. reticulata sēklu etanola ekstrakta. Visi identificētie savienojumi 11 un 12 šeit pirmo reizi tika atdalīti no Citrus ģints ( 1. un S1–S28. attēls. Ir vērts atzīmēt, ka atšķirībā no plaši izplatītajiem flavanoniem un flavoniem C. reticulata gaisa daļās, tostarp augļos, flavonoli, šķiet, bija dominējošais flavonoīdu veids sēklās.

3.2. In Silico Izmeklēšana

Lai raksturotu izolēto savienojumu bioloģisko aktivitāti, mēs tos pakļāvām virknei in-silico balstītu analīžu. Pirmkārt, mūsu sākotnējā virtuālā skrīninga posmā mēs koncentrējāmies uz izolētajiem flavonoīdiem (1–5), jo flavonoīdi ir labi zināmi bioaktīvi augu sekundārie metabolīti. Turklāt pārējie izolētie savienojumi (6–13) ir bieži sastopami primārie metabolīti, kuriem, visticamāk, nav terapeitiskas efektivitātes.

Flavonoīdu 1–5 struktūras tika pakļautas uz dokstaciju balstītai virtuālai skrīningam pret gandrīz visiem proteīniem, kas atrodas PBP. Šim sākotnējam virtuālajam skrīningam tika izmantota tiešsaistes platforma, proti, idTarget [8]. Atgūtie rādītāji tika izgūti kā saraksts no lielākās negatīvās vērtības līdz mazākajai. Mēs noteicām pārliecinošu afinitātes rādītāju –10 kcal/mol kā izslēgšanas vērtību, lai izdalītu katra izolētā flavonoīda labos mērķus (1–5). Tika konstatēts, ka vairāki interesanti molekulārie mērķi, iespējams, ir labi mērķi šiem saistītajiem savienojumiem, tostarp proteīnkināzēm un sintēzēm (1.

Interesanti, ka starp šiem flavonoīdiem, hialuronidāzi, ksantīna oksidāzi un tirozināzes enzīmiem tika ziņots par trim kopīgiem molekulāriem mērķiem. Šie fermenti ir saistīti ar veselīgas ādas uzturēšanu [25–30], un līdz ar to sākotnējā virtuālā skrīninga posmā šie flavonoīdi tika identificēti kā iespējami ādas kopšanu veicinoši līdzekļi.

3.3. Molekulārās dinamikas simulācija un absolūtās saistošās brīvās enerģijas aprēķins

Lai vēl vairāk atbalstītu sākotnējo skrīninga posmu, kas balstīts uz dokstaciju, mēs novērtējām savienojumu 1–5 absolūtās saistīšanās brīvās enerģijas (∆Gsaistīšanās) ar hialuronidāzes, ksantīna oksidāzes un tirozināzes enzīmiem, izmantojot no MDS atkarīgo metodi, proti, brīvās enerģijas perturbācijas metodi ( FEP) [26,31].

Kā parādīts 2. tabulā, tikai savienojumi 2, 3 un 5 spēja sasniegt augstāko afinitāti pret hialuronidāzes, ksantīna oksidāzes un tirozināzes enzīmiem ar ∆ slīpēšanas vērtībām no –8,1 līdz –9,9 kcal/mol. Atlikušajiem savienojumiem ∆G saistīšanās vērtības bija lielākas par –6 kcal/mol.

Tika veikti papildu 50 ns MDS eksperimenti, lai izpētītu savienojumu 2, 3 un 5 mijiedarbību un saistīšanās stabilitāti ar hialuronidāzes, ksantīna oksidāzes un tirozināzes enzīmiem. Kā parādīts 2. attēlā, gan savienojums 3, gan līdzkristalizētais ligands sasniedza līdzīgu saistīšanās stabilitāti enzīma saistīšanās vietā visā MDS ar RMSD ~ 2,8 Å no sākotnējās dokstacijas pozas. Savienojuma 2 0 RMSD arī bija līdzīgi savienojumam 3 līdz 28,7 ns, kad tas sāk nedaudz atšķirties no savienojuma 3 un līdzkristalizētā liganda, lai sasniegtu vidējo RMSD 3,8 Å visā MDS. Pēdējais momentuzņēmums, kas iegūts no 2. un 3. savienojumu MDS un kokristalizētā liganda, liecināja, ka TYR-75, ASP-129 un GLU-131 bija biežākie aminoskābju atlikumi, kas mijiedarbojas caur H- savienošana.

Attiecībā uz ksantīna oksidāzi savienojums 3 sasniedza stabilu saistīšanos savā aktīvajā vietā visā MDS laikā, reģistrējot vidējo RMSD 2, 6 Å, kas bija konverģents ar līdzkristalizētā inhibitora (RMSD ~ 2, 4 Å). Šāda stabila savienojuma 3 saistīšanās acīmredzami bija saistīta ar H-saišu tīklu, ko tas izveidoja ar LYS-771, PHE-798, GLU-802, SER-876, ARG{{ 12}}, PHE-911, ARG-912 un THR-1010 (3. attēls).

Visbeidzot, savienojums 5 bija stabils arī tirozināzes aktīvajā vietā 50 ns MDS laikā ar vidējo RMSD vērtību 4, 9 Å, kas bija augstāka nekā līdzkristalizētajam inhibitoram (RMSD ~ 3, 8 Å). Kā parādīts pēdējā MDS iegūtajā momentuzņēmumā, savienojums 5 spēja mijiedarboties ar diviem Zn2 plus joniem līdzīgi kā līdzkristalizētais inhibitors. Turklāt tas tika stabilizēts ar vairākām H-saitēm ar LYS-198, GLY-209, TYR-362, ARG-374 un THR-391 (4. attēls). ).

【Lai iegūtu plašāku informāciju: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】